2006年

中国科学院创新三期开局之际，面向科学研究与技术创新方面的需求紧迫,尤其是与人口健康、资源环境等有关可持续发展领域, 纳米、信息、生物技术等战略高技术前沿,以及国家安全领域。中国科学院在经济发达地区部署新建5个研究所，是更好地衔接中国科学院创新能力建设与国家创新体系、区域创新体系建设的客观需要,是提升我国自主创新能力,支撑发展、引领未来能力的战略需要。

2006年3月4日，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥致信山东省委书记张高丽，提出在山东按照“地方单位政府满意、合作企业满意、老百姓满意、科技界同行认同”的标准建设新的以战略高技术研发为主要任务的中国科学院青岛生物能源与过程研究所。研究所的成立是院党组按照可持续发展、环境友好的“绿色经济”发展要求，依据国际科技与经济发展的整体态势做出的判断，集中力量解决生物能源与过程领域和产业的多样性问题。

2006年4月3日，青岛市市长夏耕与中国科学院沈阳分院院长王庆礼等领导多次实地考察选址。确定研究所建设用地选址方案，地块位于青岛市崂山区松岭路以西、一汽研发中心以北，一期规划建设用地面积约7.26公顷，完成筹建初期核心选址定点工作。

2006年4月25日，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥与青岛市市长夏耕商谈青岛能源所筹建事宜，推进院市共建对接工作落地走实。

2006年5月16日，中国科学院、山东省人民政府、青岛市人民政府签署《共建中国科学院青岛生物能源与过程研究所备忘录》，正式确立院、省、市三方共建机制，全面拉开研究所筹建工作序幕。

2006年6月27日，青岛市机构编制委员会批复，同意设立青岛能源所地方事业法人机构。

2006年6月28日，中国科学院青岛能源所（筹）筹建工作组成立，王利生任组长，吴钢任副组长。

2006年6月28日，青岛能源所租赁青岛市南京路金华公寓，设立临时办公驻地，搭建院、省、市三方协调对接工作平台，以地方独立法人身份启动研究所各项筹建筹备工作。

2006年7月5日，正式成立青岛能源所筹建领导小组，同日，召开筹建领导小组第一次全体会议，明确初期建设工作体系。

2006年8月21日，青岛能源所筹建领导小组召开第二次会议。

2006年9月7日，青岛能源所与青岛市事业机关保险办公室签订社会保险协议，明确全员纳入青岛市事业单位社会保险体系，为研究所全员参加青岛市事业单位保险体系，筑牢保障基础。

2006年9月17日，中国科学院、山东省人民政府、青岛市人民政府三方共建青岛能源所签约仪式在济南举行，标志着研究所筹建工作全面进入实质性推进阶段。

2006年11月15日，青岛能源所筹建领导小组第三次会议召开，审议通过了园区规划、薪酬体系及人才引进工作部署。

2007年

2007年5月11日，中国科学院、山东省人民政府、青岛市人民政府三方共建领导代表共同出席青岛能源所新源路园区建设工程开工奠基仪式，并为项目培土奠基，标志着青岛能源所园区基建工程正式启动，建所硬件建设迈入实体施工阶段。同日，青岛能源所筹建领导小组召开第四次会议。

2007年5月11日，中国科学院副院长施尔畏转交全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥祝贺青岛能源所奠基题词“创新生物能源与过程 发展生物技术与产业”。

2007年7月1日，伴随职工队伍的不断壮大，青岛能源所办公驻地迁至园区相邻的泰科达电子大厦，有效改善科研与办公条件。

2007年9月17日，青岛能源所举办首届生物能源与过程国际学术研讨会。

2007年9月21日，青岛能源所筹建领导小组召开第五次会议，审议通过了研究所筹建工作报告和科研装备建设规划方案。同日，中国科学院副院长、青岛能源所筹建领导小组组长施尔畏视察青岛能源所泰科达科技园临时办公区。

2007年11月1日,中国科学院副院长李家洋视察青岛能源所新源路园区建设工地。

2008年

2008年1月15日，青岛能源所筹建领导小组召开第六次会议。

2008年4月1日，青岛能源所筹建领导小组召开第七次会议。同日，中国科学院副院长、青岛能源所筹建领导小组组长施尔畏考察园区施工现场。

2008年5月15日，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥调研青岛能源所筹建进展，并与科研骨干座谈。

2008年5月20日，青岛能源所成立第一届工会委员会，王君任工会主席。

2008年9月6日，泰安市人民政府赠予青岛能源所泰山石落成。

2008年9月17日，青岛能源所新源路园区（110亩，一期总建筑面积3.4万平方米，总投资1.2亿元）正式投入使用，研究所全体创业团队迁入新园区办公科研，标志着青岛能源所筹建工作取得标志性阶段性胜利，彻底结束临时办公状态，为研究所常态化科研、人才集聚、长远发展筑牢核心硬件根基。

2008年10月23日，青岛能源所举办第二届生物能源与过程国际学术研讨会。

2008年11月27日，青岛能源所筹建领导小组召开第八次会议，会议首次在新入住的新源路园区召开，研究所筹建工作又迈上了新的台阶，进入了新的历史发展阶段。

2009年

2009年3月3日，中国科学院与青岛市人民政府在北京签署《中国科学院 青岛市人民政府全面战略合作协议书》，依托青岛能源所共建“中国科学院能源科学与技术中心”。

2009年3月6日，中国科学院与山东省人民政府签署了《中国科学院 山东省人民政府全面战略合作协议书》，将共建青岛能源所作为省院战略合作的重点。

2009年4月7日，青岛能源所筹建领导小组召开第九次会议。同日，依托青岛能源所建设的“中国科学院能源科学与技术研究中心”揭牌，进一步落实中国科学院、青岛市人民政府全面合作协议。

2009年7月9日，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥视察调研青岛能源所新源路园区，并与研究所科研、管理骨干进行了座谈，听取了研究所筹建工作汇报。

2009年7月22日，中央机构编制委员会办公室批复，设立青岛能源所，标志着研究所获得国家级建制资质，完成从地方筹建单位到国立科研机构的身份转变。

2009年8月15日，青岛能源所与西澳大学签署共建“中澳生物质综合利用联合研究中心”谅解备忘录，搭建首个海外联合科研平台。

2009年8月24日，青岛能源所与平度市人民政府签订《中试试验基地共建合作框架协议》。

2009年9月7日，中国科学院批复成立青岛能源所，研究所建制工作取得关键性突破，全面结束筹建阶段，迈入规范化独立运行新阶段。

2009年10月10日，青岛能源所第一任党委书记、纪委书记任职，赵汐潮任党委书记兼纪委书记。【党委领导班子个别调整：2009年11月18日，陈华庭任党委副书记。2012年10月9日，许辉任党委副书记，免去陈华庭党委副书记职务】

2009年10月11日至12日，中国科学院5个新建研究所预验收会议在苏州召开，青岛能源所参与本次统一预验收评审，顺利完成建所阶段性预核验，为后续正式三方验收奠定坚实基础。

2009年10月16日，中国共产党青岛市委员会批准建立青岛能源所党委。

2009年10月30日，依托青岛能源所建设的山东省能源生物遗传资源重点实验室获批成立。

2009年11月30日，青岛能源所顺利通过中国科学院、山东省、青岛市三方联合正式验收，标志着青岛能源所正式完成建制落地，全面纳入中国科学院国立科研机构常态化管理体系。

2009年12月1日，青岛能源所新源路园区一期工程获“泰山杯”。